“個體工商戶的生產經營所得”應納稅所得額超過10萬的部分適用最高35%稅率。
近些年，一些地方為了發展經濟，引進投資類企業，對合伙企業轉讓股票收入分配給自然人合伙人(有限合伙人)按照“利息、股息、紅利所得”或“財產轉讓所得”征收20%的個人所得稅。
但在加強稅收征管、統一稅收執法口徑的大背景下，第一財經記者多方了解到，稅務稽查部門正準備對之前的做法予以糾正，統一按照現行規定征收5%~35%的超額累進稅率。
實際上，按5%~35%稅率繳納并非新政，而是一直以來的稅務政策，只是之前國稅和地稅對政策各有裁量和執行力度的不同。
根據2000年印發的《國務院關于個人獨資企業和合伙企業征收所得稅問題的通知》，自2000年1月1日起，對個人獨資企業和合伙企業停止征收企業所得稅，其投資者的生產經營所得，比照個體工商戶的生產、經營所得征收個人所得稅。
隨后財政部和稅務總局發布《關于個人獨資企業和合伙企業投資者征收個人所得稅的規定》，明確個人獨資企業和合伙企業每一納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失后的余額，作為投資者個人的生產經營所得，比照個人所得稅法的個體工商戶的生產經營所得應稅項目，適用5%~35%的五級超額累進稅率，計算征收個人所得稅。
按照現行個稅法，“個體工商戶的生產經營所得”應納稅所得額超過10萬的部分適用最高35%稅率。
8月30日稅務總局第三季度政策解讀現場答問中，國家稅務總局所得稅司副司長葉霖兒公開表示，按照現行個人所得稅法規定，合伙企業的合伙人為其納稅人，合伙企業轉讓股權所得，應按照“先分后稅”原則，根據合伙企業的全部生產經營所得和合伙協議約定的分配比例確定合伙企業各合伙人的應納稅所得額，其自然人合伙人的分配所得，應按照“個體工商戶的生產、經營所得”項目繳納個人所得稅。
這意味著對合伙企業轉讓股權所得至自然人合伙人時，應按照5%~35%繳納個稅。
安永稅務服務合伙人糜懿全告訴第一財經記者，總局此次進行清理統一按照現有法律規定的5%~35%超額累進稅率征稅，符合國家現有法律法規和國際慣例。但是，由于稅率從此前的20%上升到最高的35%后，會影響投資者通過合伙企業的形式去投資。
一位上海創投機構合伙人告訴第一財經記者，這對行業影響很大，影響的是有限合伙企業中的自然人。
第一財經記者了解到，杭州已有部分創投機構近期按照35%的稅率補繳了稅款。根據媒體報道，一些其他地方創投機構也相繼被當地稅務部門要求來補繳稅款。
一位地方稅務人士告訴第一財經記者，此前幾年當地一直對合伙企業轉讓股票收入分配給自然人合伙人按20%征稅，但這一行為在今年已經被上級部門叫停，正在等待稅務總局協調。
糜懿全解釋，目前稅務部門對合伙企業層面并不征企業所得稅，而是按照國際慣例對具體合伙人進行征稅，合伙企業合伙人是自然人的，繳納個人所得稅;合伙人是法人和其他組織的，繳納企業所得稅。根據現行法規，合伙企業生產經營所得和其他所得采取“先分后稅”的原則，即不管收入是否真的分配至個人，都應該按照相應的收入分配比例來交稅。
前述創投機構合伙人表示，公募基金的個人投資者是按20%征收個稅，同樣是投資收益，為什么支持新經濟的私募股權投資要承擔更高的稅收?這樣對企業來說稅負較高，而且投資虧損的部分不能抵扣也不公平。
“一些地方按照最高35%征稅是合法合規的，一些地方對投資性收入按照20%征稅雖與現行法律不一致，但也有一定的合理性，下一步稅法參照國際慣例在這方面可以更加完善。”糜懿全說。
為了鼓勵合伙企業加大對科技創新投入，近些年國家稅務總局出臺了新政來減輕創投企業稅負。比如，今年7月1日起，國家在全國范圍內，全面實施創業投資企業和天使投資個人稅收優惠政策。
具體內容包括，對有限合伙制創業投資企業采取股權投資方式直接投資于初創科技型企業滿2年的，該合伙創投企業的個人合伙人可以按照對初創科技型企業投資額的70%抵扣個人合伙人從合伙創投企業分得的經營所得;當年不足抵扣的，可以在以后納稅年度結轉抵扣。符合條件的天使投資個人也享受同樣的優惠。
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